1、有没有懂转录组测序或者做过的朋友
有没有懂转录组测序或者做过的朋友
样品要求： ⑴样品纯度要求： total RNA OD值应在1.8至2.2之间；电泳检测28S:18S至少大于1.5;⑵样品浓度： total RNA浓度不低于400ng/ul；样品总量不低于15ug;
⑶请提供total RNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。如需进行多次样品制备，需要提供多次样品制备所需样品。
2、我要做转录组测序和功能蛋白的基因，有什么好书或者建议？
目前研究转录组主要包含三种方法：
包括基于Sanger测序法的SAGE
（serial
analysis
of
gene
expression）、LongSAGE和MPSS（massively
parallel
signature
sequencing）；
基于杂交技术的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片；
基于高通量测序技术的转录组测序（RNA-Seq）。
与另两种方法相比，RNA-
Seq具有以下优势：
高灵敏度，检测阈值跨越6个数量级，能检测到细胞中几乎所有的转录本，包括一些只有几个拷贝的稀有转录本，同时能对转录本进行定量；
高准确率，能准确的测定每个转录本的单核苷酸，同时不存在生物芯片的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音的问题；
应用范围广，无需预先设计探针或了解物种的基因信息，即可对任意物种进行转录组测序，同时能发现新的转录本，预测新的基因，检测可变剪切、SNPs、融合
基因等。
所以如果阁下希望进行转录组研究，可以从以上几种方法入手。多看文献，多向前辈请教，假以时日，会成为高手的。如有问题，可以进一步追问。
希望采纳哦
3、同一个菌做比较转录组会有差异吗
转录组control组与对照组，重复样本怎么比较现在有个项目对中国人和日本人的身高进行一个调查研究，设计一个实验来确定中国人的身高和日本人的身高是否有差异？如何设计这个实验？ 身高是一个数量性状，在一个种群内它的分布应该是以一个平均值为中心向两侧延伸类似于泊松分布，如下图所示： 如果想比较中国人的身高和日本人的身高这个问题，把中日两国所有的人都抓过来测定一下身高，然后计算平均值和标准方差后，进行统计比较两个群体是否有差异，这是最准确和理想的方案，但是因为经费的原因不现实。 只能退而求其次，对群体进行随机抽样得到小的样本集，以这个小的样本集代替原来的整个群体，假设对中日两国人各进行随机抽样1000个，然后测定身高，得到两个样本集合C1和J1（身高的数据），然后可以对此进行生物统计学分析，比较两个种群的身高是否有差异？ 现在如果我对每个种群只取一个样本，中国人1个样本，日本人1个样本，然后以这两个样本的身高数据进行比较，从而确定这两个群体的身高是否有显著差异？这种方案相信所有的人都会立即否定，这明显不靠谱，因为只是随机抽了一个样本，由此得到的结论根本站不住脚。如果我对每个群体选择1000个样本，先计算这1000个样本的平均值，然后通过比较平均值来确定两个群体是否有差异，这个方案明显不行，1000个样本的平均值比起1个样本来说接近这个群体的平均值的概率高，但是其实本质都是一次取样，无法进行统计学分析。 如果我对中日两国的人先按照地区进行抽样，每个地区选择10个人，取其平均值作为该地区的代表样本，这样每个地区有一个样本，中日两个群体也会有很多样本，这种做法是否可取？这种做法的问题在于：不同地区的人数目不同，身高不同，以地区的平均值代表该地区的平均身高，然后将不同地区旦肠测段爻灯诧犬超华的人汇聚起来计算，这样忽略了人口数目的权重，从而导致整个群体的平均身高被拔高或者降低，最后得到的结论也是不可靠的。 现在开始进入正题，假设我要通过转录组测序的方法比较拟南芥叶片在阳光下和黑暗中基因表达的差异，找到与光反应有关的基因，我希望自己得到的这个结论是可靠的，在所有的拟南芥中这个结论都成立。 那么阳光下的拟南芥作为一个群体，黑暗中的拟南芥作为一个群体，现在开始设计实验，可以直接模仿上面的实验设计方式来进行实验。 （1）采用穷尽的方式将所有的样本都拿来做，这根本不可能。 （2）对两个群体进行随机抽样，每个群体抽样数目至少>3个，理论上选择更多会更好，但是也要考虑经费的限制，抽样的样本数目太少，直接不行。通过这种方式对每个群体>3个样本进行转录组测序，然后筛选出差异基因，就算是这样差异基因的后续验证仍然是必须的。 （3）每个群体选择1个样本测序，筛选差异基因，至少对于有参考基因组的拟南芥来说这样其实是不行的，因为随机选择的1个样本，不能代表这个群体的特征，由此筛选得到的差异基因并不是这两个群体的差异基因。 （4）那如果每个拟南芥群体选择10个样本提取RNA，然后等量混合得到2个样本代表2个群体，这样是对10个样本的基因表达量取了平均值，但是这10个样本其实也不能代表这个群体，而且混样之后的平均值其实就是相当于取了一个样本，由此得到的差异基因同样不可信。 （5）如果拟南芥黑暗和光照条件下，各取30个样本，每10个样本等量混合成一个样本，那么黑暗和光照条件下每组仍然有3个混合样本进行转录组测序，据此筛选差异表达基因，应该是很有代表性了，我个人感觉这种方法会比每组3个样本的效果好一点。
4、做转录组测序以后，还需要进行怎么样的分
首先需要做的是将测出来的reads mapping到基因组上，与此同时可以得到数据mapping比例等信息，依靠这些信息可以进行数据质量的分析，然后还可以统计每个基因的表达情况，如果是比较不同样本之间的转录组，则可以进行差异表达基因的分析
5、请问目前国内有哪些可以做转录组测序的公司?
现在很多公司在做转录组测序，找服务公司，关键看服务质量转录组测序的过程中有很多因素能够引起测序的偏移，而一般科研工作者把样品给测序公司后只关注测序的数据量的多少是否符合要求。除测序数据量外，还有很多指标可以衡量转录组测序质量的，如rRNA消除比例、测序plicated reads的比例、每个转录本的测序均一性、测序的可重复性、不同GC或不同长度转录本的表达丰度是否存在偏移等。
6、想做原核转录组测序，请问有哪家公司推荐吗
做转录组测序，其实市面上的公司都可以，现在实力都差不多，不过如果做原核的，我推荐你去金唯智，他家可以做先菌种鉴定，我刚开始第一次送样的，先做了菌种鉴定，发现样品不对，又重新制备的样品，幸亏做了，要不然麻烦就大啦。
7、有没有人做过植物方面的转录组测序
做过植物方面的转录组测序
转录组学(Transcriptomics)是一门在整体水平上研究细胞中基因转录情况及转录调控规律的学科。转录组(Transcriptome)广义上指某一生理条件下细胞内所有转录产物的集合，狭义上指所有mRNA的集合。转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的必然纽带，转录组研究已经成为揭示生物生长发育调控和逆境胁迫适应机制、生物进化规律、疾病发生发展的重要机制以及发现致病基因调控的关键靶点等方面的最佳研究手段。近年来，随着测序成本的不断降低和测序通量的飞跃提升，第二代测序技术凭借高准确性、高通量、高灵敏度和低运行成本等突出优势逐渐成为解决生物学问题不可或缺的手段。
8、做转录组测序以后，还需要进行怎么样的分析？请尽量回答的详细一点，谢谢！！
之后的分析就要根据研究目的，分析转录组之间的差异与相关性了。这后面的分析应该是因人而异了。可以看看相关文献中是如何分析的。
9、做转录组，组织样本和细胞样本哪个更好
美国《科学》周刊分别于2001年、2002年初评出上一年度的世界十大科学突破，RNA研究均位居第二：生命可能始于RNA，而非DNA；RNA干扰在使哺乳动物细胞的基因表达沉默和RNA在调控方面的很多新发现超出了科学家原先的想象。国际上，RNA研究正在受到人们前所未有的关注。
中、美、日、德、法、英六国科学家和美国塞莱拉公司于2001年2月12日联合公布人类基因组图谱及初步分析结果。经初步分析，人类基因组共有3万至3．5万个基因，蛋白质合成有关的基因只占整个基因组的2％。由此产生一些问题：第一，如果一个基因仅编码一个蛋白质，这么少的蛋白质如何维持人体那么复杂而多变的生命现象？科学家估计人体中蛋白质数远大于现在发现的基因数。第二，如果一个基因可以表达出多种蛋白质，生物又是如何做到这一点的？第三，余下的不编码蛋白质的98％的基因组有何功能？针对这些问题，RNA研究和RNA组学研究可以提供部分解答。
传统观念认为：三类最重要的生物高分子化合物中，DNA携带遗传信息，蛋白质是生物功能分子，而RNA在这二者间起传递遗传信息的作用（即参与蛋白质的生物合成）。1980年代初，美国科学家切赫（T．Cech）发现RNA也可成为生物催化剂，他命名这种RNA催化剂为核酶。在酶学领域，核酶的发现打破了多年来“酶的化学本质就是蛋白质”的传统观念。在RNA领域，这一发现对传统观念的冲击更大，它使人们认识到RNA的生物功能远非“传递遗传信息”那么简单。此后，RNA领域的新发现不断出现。
基因组研究中的“垃圾”可能是RNA基因。在基因组研究过程中，科学家发现了大量的不编码蛋白质的重复序列。它们一度被称为“垃圾”，而这种“垃圾”在越是高等的生物中含量却越多。现在发现，这些“垃圾”中的一种，称为Alu家族的序列，被认为是反式可移动元件，可调控邻近基因的表达。基因组中，蛋白质合成有关的基因只占整个基因组的2％，而编码非蛋白质的各种RNA基因占基因组的比例要大得多，可能要高一个数量级。由于发现mRNA的5′和3′非编码区也有调控功能，所以非编码（蛋白质）的RNA基因数很可能大于蛋白质基因数。
RNA控制着蛋白质的生物合成
生物体内绝大多数的生物化学反应均由酶（蛋白质）催化控制，因此，蛋白质的生物合成由谁催化，一直是人们关注的问题。核糖体是一由3～4种核糖体RNA（rRNA）与几十种蛋白质组成的核糖核蛋白体，是蛋白质生物合成的场所。多少年来，人们在努力寻找催化蛋白质生物合成的关键——转肽酶。直到2000年，核糖体大、小两个亚基均得到了结晶，并获得了高分辨率的X射线衍射分析图谱。图谱分析表明，在肽键形成处2纳米的范围内，完全没有蛋白质的电子云存在。这说明肽键的形成不可能由蛋白质催化，而只可能由rRNA催化。核糖体是核酶，这成了2000年的世界第二大科学成就之一。
生命起源：RNA世界
1981年度诺贝尔化学奖获得者吉尔伯特（W． Gilbert）提出了“RNA世界”的假说。它指的是“在生命起源的某个时期，生命体仅由一种高分子化合物RNA组成。遗传信息的传递建立于RNA的复制，其复制机理与当今DNA复制机理相似，作为生物催化剂的、由基因编码的蛋白质还不存在”。
RNA由于其五碳糖2′位是羟基，化学活泼性远大于DNA，再加上其他原因，就特别容易发生突变，因此在携带遗传信息的能力方面，RNA不如DNA；RNA又由于组成没有蛋白质复杂，不可能形成如蛋白质那么多样的结构，因此在功能分子的作用方面，RNA又不如蛋白质。但RNA是唯一的既能携带遗传信息又可以是功能分子的生物高分子化合物。因此，生命发生之初，很可能是在原始海洋深处的火山口边，高温、高压的条件下，在可作为催化剂的矿物质边富集了可能是雷电中合成的原始核苷酸。经过亿万年的进化，形成了具有自我复制能力的RNA。在人工条件下，这种进化的某些过程已被成功地模拟。原始的具有自我复制能力的RNA，再在以后的亿万年进化过程中，逐渐将其携带遗传信息的功能传给了DNA，将其功能分子的功能传给了蛋白质。核糖体是核酶的发现大大支持了RNA世界的假说。
RNA的运动功能与调控功能
RNA虽然只由4种核苷酸组成，但核苷酸的修饰增加了RNA结构的复杂性，为RNA功能多样性提供了物质基础。一些RNA如rRNA中，核苷酸的甲基化修饰和假尿嘧啶的生物合成，以及rRNA的加工和细胞定位转运，均有一类核仁小分子RNA(snoRNA)参与。snoRNA参与的RNA修饰并不局限于rRNA一种，被修饰的RNA种类不断被发现。
RNA具运动功能。中国旅美学者郭培宣发现：一种细菌病毒（噬菌体）装配依赖于RNA的运动功能。
RNA的调控功能是近年RNA研究的主要突破。
男性第23对染色体是XY，女性的第23对染色体是XX。如果女性两条X染色体都能正常表达的话，女性X染色体编码基因的表达量将是男性的两倍。事实上男性与女性X染色体编码蛋白的表达量是一致的。其原因是哺乳类动物细胞中有一Xist基因，它不编码蛋白质，但可被转录成RNA，即XistRNA。Xist RNA可通过一复杂的过程，与2条X染色体中的一条结合，使其失活。
生命过程有时序性。如线虫生长过程中有幼虫1期、幼虫2期、幼虫3／4期和成虫期四个不同的发育阶段。有一些不编码蛋白质的小RNA（称为反义RNA），如lin－4RNA、let－7 RNA等，前者控制幼虫1期到幼虫2期的过渡，后者控制幼虫3／4期到成虫期的过渡。
在细胞周期调控中，一种meiRNA调控细胞从G1期进入S期。天然反义RNA对DNA复制、RNA转录、蛋白质生物合成的调控的事例已越来越多。
染色体DNA的3′末端在端粒酶的作用下，以端粒RNA(一种小分子RNA)为模板，合成一段DNA——端粒。细胞分裂时，DNA每复制一次，端粒DNA会短一点，直到端粒全部消失。此时细胞再也不能分裂，走向亡。成人正常细胞没有端粒酶和端粒RNA，而癌细胞含有端粒酶和端粒RNA。所以，我们也可说是端粒RNA，控制了细胞的寿命和癌症的发生。
RNA携带与调制遗传信息
在一些病毒中，是RNA携带遗传信息，而不是DNA携带遗传信息。属于RNA病毒的有烟草花叶病毒等侵染植物的病毒，鸡法氏囊病病毒等侵染动物的病毒。它们大多对农牧业生产有巨大的危害。与艾滋病有关的HIV病毒，以及严重危害人民健康的丙肝病毒等也是RNA病毒。乙肝病毒虽是DNA病毒，但在其生命周期中，需要经过一全长RNA的过程。
RNA调制遗传信息。如酵母、植物、动物等真核生物（细菌等不是真核生物）的基因有很多是断裂基因。即基因的初始转录物（mRNA前体）中，一段段的蛋白质编码区被居间序列分开。只有居间序列被去除后，也即成熟了的mRNA，才能成为蛋白质生物合成的模板。这过程称为RNA剪接。通过不同方式的RNA剪接，一种基因可在不同的发育分化阶段、在不同的生理病理条件或不同的细胞、组织中合成不同的蛋白质。果蝇的性别决定就是通过不同的剪接途径完成的。RNA剪接在RNA水平上调控基因的开放和关闭，增加或减少遗传信息，使一种基因合成出多种蛋白质。
很多生物的mRNA在成熟过程中，均需经RNA编辑。一种RNA编辑是以另一RNA为模板来修饰mRNA前体的。通过编辑，可以给mRNA前体添加新的遗传信息。添加最多的实例中，来自原始基因的遗传信息只占成熟mRNA的45％，其余55％的遗传信息来自其他RNA。现在生物体内发现有8种不同的RNA编辑方式。不同编辑方式，可以在RNA水平上调控基因的开放和关闭，增加或减少遗传信息，使一种基因合成出多种蛋白质，从而调控生物的不同发育分化阶段等。
在蛋白质生物合成过程中，除了常规的合成规律外，还发现有4种被称为“再编码”的方式。通常情况下，mRNA编码区中的每三个核苷酸组成一个密码子，每个密码子可按一定的密码表翻译成一个氨基酸，或用作翻译的起始和停止信号。这种情况下，编码区的每个核苷酸只能也必须被阅读一次。但在再编码过程中，有的核苷酸被跳过而没有被阅读，有的核苷酸却被阅读了两次，有的密码子被用来翻译特殊的氨基酸。因此，经过再编码，一个基因可合成出多种蛋白质或改变遗传信息量。
从上可知，遗传信息从DNA到蛋白质的过程中，RNA并非只是起简单的传递遗传信息作用，RNA通过各种剪接、编辑和再编码等方式，调控基因表达的方向，调制遗传信息。
RNA与疾病关系及RNA研究的应用
很多RNA的突变或异常可以引起疾病，如红斑狼疮、重症肌无力、某些II型糖尿病、某些帕金森病、某些老年性痴呆等均由某些RNA异常引起。必须指出，RNA研究相对落后，然而随研究的发展，将会发现更多的由RNA引起的疾病。一些RNA突变常造成蛋白质合成障碍或蛋白质合成错误率的增加，因此，一种RNA突变，常可因其发生部位如组织细胞的不同，影响到不同的蛋白质，而引起不同的疾病。不同RNA的突变又可能因为发生在同一种细胞或组织中，而引起同一种疾病。也可因引起一系列蛋白质合成的错误，而表现为综合征。这种特性增加了这类RNA疾病的研究难度。
RNA异常致病研究有助于了解疾病发生机理，为治疗疾病找到合适的途径。
RNA可应用于制药、基因工程等。1990年代初，核酶的应用研究迅猛发展，现已有多种核酶药物进入II期临床研究。从1990年代初开始，由反义RNA发展而来的反义寡脱氧核苷酸类药物（包括三链形成寡脱氧核苷酸）同样发展迅猛。1998年第一种反义核酸药物在美国获得FDA批准正式进入临床应用。现进入各期临床研究的反义核酸药物有数十种。近年来，通过体外筛选技术，发展核酸类抗体药物的工作也很热门。因为它具有蛋白质抗体的优点，而且没有蛋白质类抗体的人源化问题和在人源化途径中滴度下降的问题。RNA干扰的应用研究也迅速展开，已有多个这方面的专利出现。RNA还有RNA水平的扩增、tRNA介导的基因工程等应用。
RNA组学的提出
基因组的研究最终可以提供给人们全套的DNA序列，从中可以检出所有的蛋白质基因。由于每个细胞都有全套的遗传信息，但在不同的生长发育阶段、不同的组织或不同的生理病理情况下，表达的蛋白质谱是不一样的。因此1995年提出了蛋白质组学以研究蛋白质在不同时空情况下的表达及其生物学意义。由于DNA与蛋白质的不完全对应性，1997年又有人提出了转录组（transcriptome）计划，主要研究蛋白质基因转录的时空关系及其生物学意义。但是如上所述，RNA的生物功能远远超出了作为遗传信息传递中介的mRNA的功能范围，所以研究所有上述各种RNA在内的所有RNA的时空表达情况及其生物学意义，将在全面破解生命奥秘过程中发挥重要作用。
中外科学家都注意到了以此为研究对象的RNA组问题。我国科学家在1998年12月第109次香山科学会议、2000年1月第11次东方科技论坛和2000年3月国家重点基础研究计划(973项目)评审会上，提到了“开展功能RNA组研究”的问题。国外在2000年底提出了RNA组学（RNomics）。RNA组学研究将会在探索生命奥秘中和促进生物技术产业中，作出巨大贡献。如果说基因组学正全力构筑生命科学基石的话，那么RNA组学和蛋白质组学、生物信息学等都是它不可缺少的同盟军。
10、有没有虫友做过转录组和代谢组的关联分析的
般的转录组测序可以得到大量差异表达基因和调控代谢通路，但由于基因与表型难以直接关联，导致关键信号通路难以确定，因此往往达不到预期研究目的。相信很多做过转录组测序的老师都深有体会。总感觉中间缺少了一步？没错，就是代谢物！